被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！
月圆夜，宁采臣赶路被黑山林中白骨绊倒，遇狐妖聂小倩追逐。途中救下重伤皇城司副将，被捉妖高手燕赤霞所救，躲入兰若寺。副将托宁采臣血书给皇城司首领诸葛靖。聂小倩被赶跑，燕赤霞留经书给宁采臣。聂小倩受伤向槐公子禀报，槐公子令其取宁采臣赤子之心。宁采臣找诸葛靖，经书掉落引起昆仑派知秋一叶注意，助其进皇城司交血书。宁采臣因擅闯被压入牢，诸葛靖令其找副将尸体赎过。回住处，聂小倩画像突现，正坐于窗边凝视他。
民国时期，倭国觊觎长生不老药已久，苏家满门惨遭灭门杀戮，苏家家主苏一白面对倭贼的威逼选择宁折不弯，被强行掳走遭受酷刑折磨！年幼的苏清离因服用长生不老药侥幸存活下来，十年后，她要下山报仇！
