Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
郡主叶望舒，隐姓埋名与宁安相濡以沫七年，但在成亲当日，宁安为了青梅竹马楚芸逃婚，抛弃叶望舒。发现宁安背叛了自己后，决定离开宁安，回到京都，却意外遇到当朝太子周璟，七年前的往事被慢慢揭开...
叶凡乃昊天酒神叶逍遥之子，因为天生拥有震天骨，遭受神魔仙三界的合力围剿追杀，父亲叶逍遥自爆金丹，靠着随身的酒葫芦，逃亡地球，便收养三名小女孩儿作为养女，为了保护以后的叶凡...
程秀兰参加了一档歌唱比赛，但她一直认为第一名是因为有黑幕。在面对骗子的花言巧语时，深信不疑。她又很爱慕虚荣，得罪了很多人，同时欠下巨额债务。还害得自己老无所依。
薛凝作为姑苏无双，才情出众却遭薛家冷落陷害。因被诬陷偷绣品，被迫喝下毒,。幸得太子封羡相救，揭露薛家偏心真相，并助薛凝寻得解毒之法。薛明珠阴谋败露，薛家衰败,薛凝与封羡成婚，育有子女，彻底断绝与薛家关系，过上幸福生活......
失去妻女的商业大亨，以卖鱼小贩的身份暗中扶持自己捡来的养女成了赫赫有名的商业新秀，然而养女步入豪门后却嫌贫爱富，怨恨卖鱼的父亲不仅对自己的事业没有任何帮助，还让她二十年来受尽了苦难。
王昊因一场车祸觉醒了神力，未婚妻背叛，好友陷害、同事夺权、家人的漠视，种种事件让王昊原本的幸福生活在此刻崩塌。拥有神力的王昊成为神觉者，开启了他逆风翻盘，跌宕起伏新的人生。
别墅发生火灾，余晚奋力救出了所有人，却被哥哥们误解为又一次极端行为以博取关注，结果被他们抛下在燃烧的房子里。自此，余晚彻底看清了一切，决定与家人断绝关系。
兰美娥在乡镇卖月饼为生，因烧伤疤痕受歧视，且丈夫早逝，留下儿女楚生楚月。中秋夜，楚生不慎致楚月失踪。十年间，兰美娥独力抚养楚生。楚生成家于临城，兰美娥为助子，盘出月饼店赴孙子百日宴，途中遇寻母的苏氏集团董事长苏棠。经接触，苏棠认兰美娥为母。兰美娥历经刁难、被拒、被骗签房约，仍误打误撞参加宴会。白菲菲家族羞辱兰美娥。关键时刻，苏棠确认母亲身份，当众认亲，反击楚生与白家，护母尊严。
青云宗众人偏听偏信小师弟，导致叶天被杀，重来一世，面对吸血的重任，叶天选择和青云宗众人恩断义绝，离开宗门，另立宗门，成为第五大宗。后来揭穿小师弟真面目，整个门派悔不当初。
村民小翠采药时遇迷路背包客靳威求助，与护林员侯大爷碰面。因山中藏逃犯传闻，二人对靳威存疑，此时又有俩为夺巨款大打出手的学生闯入。三人身份成谜，究竟谁是逃犯？
林霄重生后拥有预知未来的能力，回到林家却遭养子林宇陷害，被家人误解。他凭借能力一次次化解危机，在商场、校园等场合与林宇等人斗智斗勇，揭露他们的阴谋。在此过程中，林霄逐渐获得家人的信任与支持，还收获了爱情，最终让反派得到应有的惩罚，自己也走向人生新高度。
本剧讲述了外孙女邹婉瑜摔倒穿越回92年变成了妈妈宋招娣，和邹齐明费尽周折举办一场热闹的村晚，见证了锣鼓师傅大壮和村长的正直，也见证了父母爱情的故事。
