《枪娘》主要讲述的是失去战斗记忆的主角凯瑞寻找自我，并最终“觉醒”的故事。2025年至2030年之间，一场波及全人类的世界大战致使一半人口遭到毁灭，而人类已经无法控制战争的走向，为了夺取最后的胜利，犹如游戏般的无人战斗逐渐激化，战争已经变成：卫星镭射、无人机轰炸、智能AI、无人多炮塔坦克群之间的战场……然后，这里还有一群使用已经落后于时代的枪械进行战斗的少女——枪娘。时间回到过去。飞来地球的“智能的宇宙生命精神体”，为了躲避同类的追捕，跟附近的武器商人仓库里的“无机物”M4A1相融合。辗转之中，“M4A1”流落到某都市的军事宅少年手里，少女把“M4A1”拿回家，跟她说话，关爱她，小心的擦拭她，宇宙生命体再次开始活动。为了响应青年的感情，枪（宇宙生命体）自主的变身为美少女，青年管变为人形的枪叫“凯瑞”。然而，知道了凯瑞存在的几大国家，开始了凯瑞的捕获竞争，青年为了保护凯瑞而死去。人类开始了对“枪娘”凯瑞的研究。巴雷特、沙莎等人就是研究的推进产品，通过对凯瑞的研究，人类科技得到长足发展，进入了太空时代。 赌上宇宙圈的霸权，各大国家的世界大战爆发，“世界大战”正式展开。

二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？

距离极尽繁荣与荣华的人类文明迎来末日，已经经过了漫长的岁月。人类几乎死绝，就连生物都消失的迎来末日的世界。复杂建造的都市化作宛如迷宫的废墟，无从整备的机械也渐渐停止了动作。是何时结束的呢，是从何时开始结束的呢，就连这种想法也不复存在的终末世界中，有两位少女漫无目的地持续着旅行。千户与尤莉，今天也乘着爱车Kettenkrad，在废墟当中彷徨。在终末世界中温暖地求生的反乌托邦幻想剧，就此开幕。