柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

　　在那座歌剧院发生了第三起杀人事件！即将被拆迁的歌剧院中，一群有缘人被招待观赏最后的公演，同样被招待的金田一一、七濑美雪、剑持警部三人也再次被卷入其中。『今晚，歌剧院最后之夜，将上演两具尸体所点缀的华丽最终章』，魅影发出了如此危言耸听的预告信……
　　在去温泉途中迷路的金田一一、七濑美雪、剑持警部三人，来到了废墟之村——舞兰村。这个村庄发生了遗留的吸血鬼传说引起的谜样杀人事件。吸血鬼的魔爪追逐美雪而来，阿一能够解决这起案件吗？

從人類的足跡踏出太陽系，開始在地球以外的行星殖民之後，宇宙間慢慢出現了許多獨立的行星國家。為了維持基本秩序，並避免星際間的摩擦惡化成宇宙戰爭，各獨立行星政府達成協議，成立了類似於聯合國的組織－「宇宙行星聯合」，以保障全人類的安全、自由與和平。當各星系在「宇宙行星聯合」有效的維持之下逐漸繁榮，隨著而來的就是日趨明顯的經濟交流。為維持經濟公平原則以確保各方面利益，宇宙行星聯合特別設立了GOTT （Galactic Organization of Trade and Tariffs銀河商業關稅機構），作為監督各行星國家間關稅與貿易交流，並查緝相關不法行為的執行機構。而GOTT中擁有各種特殊能力、兩人一組負責在最前線執法的特警，就稱為ES MEMBER。 星歷328年 （西元二十五世紀），人類建立第一個殖民行星三百多年後，正是ES member大活躍的時代。Kiddy Grade中的兩位女主角－性格開朗直腸子的艾克蕾爾，與外表青澀但成熟冷靜的琉美艾爾，正是GOTT中神秘的ES member特警之一。從她們嬌柔的外貌，完全無法想像艾克蕾爾是破壞力與速度超絕的怪力少女，而琉美艾爾則是身負能與超級電腦匹敵的情報處理能力、還能從指尖放出光線操作各式電子設備的活電腦。當他們接到任務出動之後，故事就在觀眾的面前拉開了序幕...

安冈紫音（川澄绫子 配音）有着非常悲惨的童年，双亲惨遭凶手杀害，而年幼的她则成为了唯一的目击证人。因为受到过度的惊吓，紫音失去了说话的能力变成了哑女，住在隔壁的将棋职业棋手安冈信次无法对无家可归的紫音置之不顾，于是收留了她。就这样，紫音来到了安冈家，开始接受将棋训练。出生于富贵之家的千金大小姐二阶堂纱织（水野理纱 配音）、男扮女装的斋藤步（朴璐美 配音）、温柔善良的久谷彻，在学习将棋的道路上，紫音结识了这些值得信赖的伙伴们。与此同时，紫音也从未放弃过追踪父母死亡的真相，她发誓要将双手沾满鲜血的凶手捉拿归案。

若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。这两人的相遇是偶然还是必然？互相对抗却又互相吸引的两个人，他们的心渐渐重叠在一起……