当Alex,MartyGloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日（从《马达加斯加：逃往非洲》后），四只企鹅（首领Skipper,智囊Kowalski,最年轻的Private和最疯狂的Rico)已经回到了纽约中央动物园，并在此地执掌管理大权。与此同时他们还要执行各种秘密任务，时不时地他们就要从动物园逃出来执行任务。正当这一队企鹅觉得自己已经运筹帷幄之际，新邻居——Julien，一只狐猴王搬来动物园。现在企鹅们必须为动物园首领的宝座与之展开角逐。四只肥嘟嘟、憨态可掬的企鹅简直喜爱到了无以复加的程度。这四只可爱的小家伙在动画片《马达加斯加》中作为配角出场，但是，它们的风头绝对盖过那四个言谈举止行为动作故作牵强滑稽状的狮子斑马河马和长颈鹿！你可以在这部影片的“附属产品”——《TheMadagascarPenguinsinaChristmasCaper》（中文译名：马达加斯加企鹅帮圣诞恶搞记）中欣赏到它们的精彩演出。

距上一次的冒险已经过去11个年头，转眼间安迪（约翰·莫里斯JohnMorris配音）变成了17岁的阳光男孩。这年夏天，安迪即将开始大学生活，他必须将自己的房间收拾整齐留给妹妹。此前，伍迪（汤姆·汉克斯TomHanks配音）与巴斯光年（蒂姆·艾伦TimAllen配音）等玩具一直期待安迪再和他们玩耍，但是随着岁月的流逝，他们被冷落在箱子里很久了。安迪十分珍惜这些童年的玩伴，于是准备将他们收在阁楼。谁曾想，妈妈却把玩具们当作废物扔到街道上。玩具们误解了安迪，于是愤然出走，宁可被捐赠到阳光之家幼儿园。伍迪尽力劝解大家，却收效甚微，只得独自黯然离开。巴斯光年他们原本以为将重新回到往昔的快乐时光，不料却陷入一场阴谋之中……

虽然患有心脏方面的疾病，但是少年翔（神木隆之介配音）的父母依然对他疏于呵护。为了准备即将到来的手术，翔来到了位于偏远乡间的姨婆（竹下景子配音）家静养。姨婆家位于一片幽静的丛林中，这是一幢有着上百年历史的欧式别墅。这里除了生活着姨婆和女佣阿春（树木希林配音）外，还有一个奇特的三口之家，“借东西一族”——小人阿莉埃蒂（志田未来配音）和她的爸爸（三浦友和配音）妈妈（大竹忍配音），他们生活在别墅的地板下，只有几公分高，过着不为人类察觉的生活。遇到所需的日常用品时，便会在夜深人静之时偷偷潜入厨房借出来。翔无意中瞥见阿莉埃蒂的身影，他有心接近这些传说中的小人，却不知不觉打扰了他们的生活……本片根据英国作家玛丽·诺顿的原著《借东西的小人》改编，并荣获2011年日本电影学院奖最佳动画片奖。

　　为寻新经，师徒四人相聚在当今社会，但他们俨然己颠覆了原先人们耳熟能详的人物性格。唐僧变成一个孤芳自赏的自恋狂，孙悟空则目中无人，成为了天下老子第一的角色，越来越胖的八戒操一口流利的东北话，色心依旧；而变化最大的当属沙和尚，他变成一个不撞南墙不回头的狠角色。中间还夹杂了一个机器人布鲁，它从里到外、从上到下都是冰冷的，因为热了它会产生短路。西行路上碰上地震加海啸，进水的布鲁果真短路，成为癫狂的疯子，一行五人在取经路上上演了一连串令人捧腹的笑话，使观众忍俊不禁......