在未来的某一天，一对男女Retro（山口胜平 配音）和Pandy（本田贵子 配音）在一片荒野中醒来，却发现自己不但赤身裸体而且丧失了记忆。二人来到了东京闹市中肆意抢劫衣服和食物，经过一番大战后，两人被捕，并被投放到月球上的监狱“Dead Leaves”。经过一段短暂的禁闭生活后，他们发现这座监狱是一所克隆工厂。两个看守员随意杀害克隆人，于是Retro和Pandy萌生了越狱的念头。Retro和Pandy轻而易举地解开了身上的锁，更不可思议的是，他们居然对这座监狱了如指掌。他们的真实身份究竟是什么？

十九世纪中叶，维多利亚时代的大英帝国，工业革命方兴未艾，理性与进步似乎凌驾一切，标志了人类文明昂首进步的无限可能。就在第一次万国博览会揭幕前夕，住在伦敦的13岁少年雷•史汀（铃木杏 Anne Suzuki 配音）突然收到发明家祖父（中村嘉葎雄 Katsuo Nakamura 配音）从美国寄来，称之为“蒸气球”（Steam Ball）的神秘动力装置。同时间，英国情报组织，以及一个名为奥哈拉基金会的黑暗组织，都觊觎“蒸气球”所蕴含的惊人力量。雷因此而突遭一伙身份不明的人的袭击，雷只好带着金属球，踏上逃亡之路。为寻求真相雷来到美国，从父亲艾迪（津嘉山正种 Masatane Tsukayama 配音）口中雷得知“蒸气球”依据全新机械理论所设计，可以产生一种划时代的庞大能源，足以供应整个国家所需。路途中，雷邂逅了美丽的富家千金斯嘉丽（小西真奈美 Manami Konishi 配音）。从小娇生惯养，却偏偏爱上了雷，自愿跟随孤独的雷一起踏上了冒险之旅……所谓的科学，究竟是人们的希望？还是将会毁灭一切。本片的制作经历了整整9年，总制作费高达24亿日元。

某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女孩，她不仅屡屡向小新一行人伸出援手，还替他们找到了安身之所。小椿希望有朝一日能够推翻杰士提斯的统治，小新决定助她一臂之力，广志（藤原启治 配音）发现若是想要从电影中脱身，那就必须顺应剧本将电影演完，一场精彩的大戏就此拉开序幕。

电影版《游戏王》改编自日本家喻户晓的纸牌游戏和电视卡通片，故事的小主人公武藤游戏是一个对纸牌游戏走火入魔的高中男孩儿，与怪兽斗争是他肩负的最大使命！看似简单的纸牌游戏，背后的真相永远比我们想象要复杂得多，它蕴含了能够改变历史进程的古老神秘力量！在埃及沙漠的深处，一个古老的恶灵被重新唤醒：几百年前被武藤游戏神秘的第二个我--“法老王”打败的亡灵之神重返人间，他要彻底打败武藤游戏并成为全世界的主宰！游戏和他的朋友们是否能在地球被沙漠吞噬之前击败强悍的亡灵之神？看似儿戏的纸牌游戏真的是拯救世界的最后希望吗？